Communiqué

L’agent pathogène à l’origine de l’importante mycose qui frappe les populations piscicoles du Doubs, de la Loue et de la Sorne provient d’une souche unique. Il est probablement parvenu dans les eaux par le biais d’activités humaines. Telles sont les conclusions de l’Université de Neuchâtel chargée par l’Office fédéral de l’environnement OFEV d’analyser l’organisme.

Depuis 2009, des épisodes récurrents de surmortalité piscicole touchant principalement la truite et l'ombre sont observés dans le Doubs franco-suisse et la Loue (France). En 2011, le même phénomène est apparu dans la Sorne, une rivière suisse qui appartient au bassin versant du Rhin sans aucune connexion avec le  Doubs. Les poissons touchés succombent à une forte infestation d'un agent pathogène appartenant au groupe Saprolegnia parasitica. Trois espèces de poissons sensibles ont jusqu'à aujourd'hui été identifiées (truite, ombre, loche). En 2011, l'OFEV a mandaté le Laboratoire de biologie du sol de l'Université de Neuchâtel pour analyser la souche virulente et en identifier l'origine.

Grâce à des techniques de biologie moléculaire, les chercheurs ont mis en évidence deux populations distinctes de Saprolegnia. La première semble peu virulente et sa variabilité génétique laisse penser qu'il s'agit d'une population résidente, établie dans le milieu naturel depuis longtemps. La seconde  population correspond à Saprolegnia parasitica, souche hautement virulente. Dans les trois rivières étudiées, tous les poissons malades étaient infectés par la même souche de Saprolegnia parasitica. On peut donc considérer que le pathogène constitue une population clonale, c'est-à-dire issue d'un seul et même clone. Un tel résultat plaide fortement en faveur de l'hypothèse d'une introduction récente de cette souche dans le milieu naturel.

L'origine de la contamination est difficile à déterminer. Les vecteurs potentiels sont nombreux. L'agent pathogène aurait pu être introduit dans le milieu naturel via les bottes d'un pêcheur ou d'un promeneur, via un canoë ou aboutir dans les eaux par le biais d'autres activités humaines (par ex. utilisation de poissons d'appâts vivants, introduction d'espèces exotiques, exploitation agricole). Lassaâd Belbahri, spécialiste de  ces organismes et qui a dirigé cette recherche, n'exclut pas l'hypothèse selon laquelle le pathogène profiterait de s'attaquer aux poissons déjà affaiblis ou stressés: «Le genre Saprolegnia inclut aussi bien des pathogènes opportunistes, habituellement peu virulents, mais pouvant le devenir si les poissons sont affaiblis, que des espèces très virulentes». Le Saprolegnia qui se développe dans le Doubs, la Loue et la Sorne aurait également pu se transformer en une forme agressive suite à des modifications de l'environnement ou pour d'autres raisons inconnues.

Depuis 2012, des poissons présentant des symptômes identiques à ceux du Doubs sont signalés dans d'autres rivières suisses (Areuse, Birse) et françaises (Ain, Bienne) sans que la présence de Saprolegnia parasitica ait encore été confirmée. Afin de prévenir toute propagation de l'agent pathogène, les autorités piscicoles recommandent de désinfecter le matériel de pêche ou autre ayant été en contact avec les eaux contaminées. Par ailleurs la Commission internationale de la pêche dans le Doubs franco-suisse a instauré un moratoire sur la pêche de l'ombre pour les années 2012-2013; ce moratoire a été étendu au secteur jurassien du Doubs. Ces mesures doivent permettre à la population d'ombre, fortement touchée par Saprolegnia, de se reconstituer. 

Les résultats des recherches de l'Université de Neuchâtel seront intégrés aux travaux et réflexions du Groupe binational «qualité des eaux» du Doubs en étroite collaboration avec la Commission internationale de la pêche dans le Doubs franco-suisse.