Le Conseil de la MAPS est constitué des directeur-rices des 5 instituts associés de la MAPS. Les membres du conseil se réunissent lorsque des décisions sont à prendre en matière scientifique ou financière.

Par ailleurs, le Conseil de la MAPS pilote le Centre de compétences Migration et mobilité.

Les membres actuels du Conseil sont:

• Prof. Janine Dahinden, Coordinatrice, Directrice du Laboratoire d'études des processus sociaux
• Prof. Christian Suter, Directeur de l'Institut de sociologie
• Prof. Antonio Iannaccone, Directeur de l'Institut de psychologie et éducation
• Prof. Ellen Hertz, Directrice de l'Institut d'ethnologie
• Prof. Gianni D'Amato, Directeur du Forum suisse pour l'étude des migrations et de la population
• Prof. Ola Söderström, Directeur de l'Institut de géographie