La MAPS est une fédération des chercheurs et chercheuses de différents instituts de la Faculté des lettres et sciences humaines. Elle regroupe cinq instituts, le Centre de droit des migrations et une chaire transversale : ethnologie, géographie, psychologie et éducation, Forum suisse pour l'étude de la migration et de la population (SFM) et sociologie. La coordination et direction de cet espace scientifique est assumée par le laboratoire d'études des processus sociaux.

En outre, la MAPS s'est dotée d'un Conseil (règlement du Conseil) qui se réunit lorsque des décisions sont à prendre en matière scientifique ou  financière. Ce Conseil est constitué des directeur-rices des 5 instituts associés de la MAPS et pilote le Centre de compétences Migration et mobilité. 

Cette structure à caractère horizontal permet de créer et maintenir un espace scientifique et interdisciplinaire qui est ouvert à l'innovation, au débat et à la mise en œuvre de projets.