La première chaire d'ethnographie et d'histoire comparée des civilisations de Suisse voit le jour en 1912 à Neuchâtel. Le but est, comme le souligne une lettre adressée au Conseil d'Etat neuchâtelois, de former des étudiants « qui se proposent de faire leur carrière dans les pays d'outre-mer comme missionnaires, colons ou explorateurs ».

Le premier professeur extraordinaire, Arnold Van Gennep, assure deux heures d'enseignement hebdomadaire de 1912 à 1915. Il participe aussi à la réorganisation du Musée d'ethnographie. Une période troublée suit son départ, durant laquelle la chaire d'ethnographie est suspendue. L'approche ethnologique est toutefois maintenue à l'Université grâce aux représentants des disciplines voisines qui resteront sensibles à la question des civilisations autres.

Jean Gabus, ethnologue, géographe et muséologue suisse, réintroduit un cours d'ethnologie en 1949 en tant que professeur extraordinaire alors qu'il est directeur du Musée d'ethnographie. Sous son impulsion, l'Institut d'ethnologie voit le jour en 1964. Jean Gabus en est nommé directeur et cumule ainsi cette fonction dans les deux institutions partenaires. Inspirés par l'actualité de la décolonisation en Afrique et l'essor des nations du Sud, les cours dispensés à l'Institut d'ethnologie couvrent un champ très large.

Pierre Centlivres succède à Jean Gabus en 1974. Sous son égide, l'institution connaîtra un nouvel essor : l'ethnologie s'autonomise et devient une discipline principale grâce à la transformation de la chaire de professeur extraordinaire en chaire de professeur ordinaire. Un second poste est créé en 1996, occupé par Anne-Marie Lonsonczy.