Bases de biochimie et structure des protéines

• Bases de chimie et biochimie

  Chimie organique (Univ Toulon) avec pages sur les glucides , lipides , acides aminés
  Didacticiel sur les acides et bases , le pH, etc (Univ British Columbia), de chimie et de biochimie (Biology Project, Univ Arizona), Interactive Biochemistry (Univ Virginia). Structure ///de l'eau liquide et solide
  Online Biology Book (alternative online au livre de Biologie de Campbell, avec des chapitres de biochimie, biologie moléculaire et cellulaire, mais aussi de physiologie animale et végétale, biologie de l'évolution, paléobiologie et écologie)
  Accès online au contenu complet de divers livres de biologie en anglais (pas forcément la dernière édition!)

• Structure des protéines

  Introduction to Protein Structure (Bridgewater, MA). Visualisation par First Glance ou  JMOL (en anglais, version plus récente)

  Sur Interactive Biochemistry , didacticiels sur la protéase de VIH, le suppresseur de tumeur p53, la protéine kinase C, les cyclooxygénases (et le mode d'action de l'aspirine), les protéines G trimériques de signalisation intracellulaire, etc. Pour ces visualisations, il vous faut installer un plug-in "mdl chime".

  Proteopedia donne aussi la possibilité d'afficher les structures souhaitées et les informations liées.

  Didacticiels de structures protéiques: Molecular Models for Biochemistry (Carnegie-Mellon) dont en particulier un sur la protéine G de Staphylococcus, mais aussi une longue liste de canaux et pompes.(Malheureusement, ce didacticiel ne fonctionne plus que partiellement et dans IE, pas dans Firefox).

  Structure de l'eau liquide et solide.

  Protéines à voir (code PDB): ConA ( 1scs ), domaine Fab d'IgG ( 8fab ), complexe IgG-lysozyme ( 1fdl ), superoxide dismutase ( 1abm ), thiorédoxine ( 2trx ), chitinase d'orge ( 1cns , famille 19) et de hévéa ( 2hvm , famille 18), glucanase ( 1ghs ), centre réactionnel photosynthétique ( 1prc ).

  Galeries d'images et d'animations sur le site Polyview: par exemple Aquaporine, Récepteur adrénergique B2, anticorps, 

• Hémoglobine et myoglobine

  

  Animation tirée du site Polyview

  Structures à voir avec First Glance ou sur Proteopedia:

  oxyMb ( 1ltw ), désoxyMb ( 1mbd ), carboxyMb ( 1mcy ), oxyHb ( 2dn1 ), désoxyHb ( 2dn2 ), carboxyHb ( 2dn3 ).

  Didacticiels sur Hb (Amherst), animation de Hb (molmovdb). Didacticiels sur Mb et Hb (Wellesley, plus entièrement fonctionnels!),

  Site sur les maladies du globule rouge .

  Plus poussé: Globin Gene Server.

• Dynamique des protéines

  Les protéines ne sont pas figée, mais flexibles. C'est nécessaire pour leurs fonctions. Pour cette raison, elles peuvent aussi être dénaturée assez facilement: il suffit de chauffer. La dénaturation facilite la digestion des protéines et en inactive qui sinon seraient toxiques (par ex. les agglutinines des graines de légumineuses). On peut aussi les dénaturer par un pH bas (caséine du lait) ou même mécaniquement (en battant avec un fouet de cuisine, en malaxant une pâte à pain, etc.).

  Des protéines changent parfois leur structure en fonction de leurs interactions avec d'autres molécules (ligands, substrats). C'est visible dans le cas de l'hémoglobine entre les formes oxy et désoxy (voir plus haut). Voici un autre exemple: le changement de conformation de la protéine gp120 du VIH quand elle se lie au récepteur du virus:

   

  

   Image Copyright du Children's Hospital Boston 2004

  Autres animations sur le site Polyview

• Marquage par protéines fluorescentes

  

   Prix Nobel de Chimie 2008 ! Molécule à la Une de décembre 2007 (SwissProt)

  Excellent site didactique de Marc Zimmer. Mécanismes de formation des fluorophores (Olympus)
  dans des cellules végétales (Hawes, Oxford Brookes), arabette (Haseloff, Cambridge), levures (Bloom, North Carolina), cellules animales (Lippincott-Schwartz, Bethesda, MD)

  Collections d'images de cellules de plantes fluorescentes ( The Illuminated Plant Cell )

  Images de cellules et tissus ( Cell Picture Show )

  GFP dans les arts: GFP bunny (Eduardo Kac)