Regroupant l'archéologie pré- et protohistorique, l'archéologie de la Méditerranée antique et la philologie classique (grec ancien, latin, hébreu), l'Institut s'intéresse à l'histoire de l'Homme depuis ses origines jusqu'au Moyen Âge par l'étude de ses traces matérielles, iconographiques et écrites ainsi qu’aux langues, aux littératures et aux courants de pensée de l’Antiquité gréco-latine. L'Institut réunit trois professeurs ordinaires, soutenus par deux professeurs titulaires, des chargé-e-s d'enseignement, des assistant-e-s et des collaboratrices et collaborateurs, qui entretiennent des liens étroits avec les Instituts d'histoire, d’ethnologie, de biologie, des langues et littératures occidentales, de Philosophie, ainsi qu'avec les Universités de Genève, Fribourg, Lausanne, Bourgogne, Franche-Comté et Paris (Sorbonne-Nouvelle).  

Largement ouvert sur la Cité, l'Institut propose, en plus de ses cours dispensés à l'Université, des stages de fouilles archéologiques en Suisse et à l'étranger, des stages en laboratoires et dans des musées, des cours publics et des conférences. Il s'appuie aussi sur un partenariat unique en Suisse en matière d'activités culturelles et de projets scientifiques, qui lie l'Université au Musée du Laténium, ainsi qu'à l'Office d'archéologie du canton de Neuchâtel.