L'archéozoologie est la discipline qui étudie les vestiges osseux issus de fouilles archéologiques dans le but de reconstituer la place de l'animal dans les sociétés passées. En fonction des périodes chronologiques, les axes de recherche développés concernent plus particulièrement les stratégies de subsistance des populations de chasseurs-cueilleurs ou l'exploitation des animaux domestiques à partir du Néolithique. 

Le principal outil de l'archéozoologie est la collection ostéologique de référence. Le laboratoire d'archéozoologie de Neuchâtel héberge plus de 5000 squelettes de vertébrés d'Europe (mammifères, oiseaux et poissons). Pour plusieurs espèces il existe des séries d' individus d'âge, de sexe et de race différents. La bibliothèque spécialisée intégrée au laboratoire comprend plus de 8000 titres.

Les travaux de recherche actuellement en cours sont concentrées sur l'étude de sites datant du Paléolithique (Bilzingsleben, Monruz et divers sites magdaléniens du Plateau suisse et de l'arc jurassien dans le cadre du projet " La mobilité des populations de chasseurs au Magdalénien ", soutenu par le Fonds national suisse de la recherche scientifique).

Dans le cadre de l'enseignement, le laboratoire sert aux instituts de préhistoire et de biologie pour la tenue de travaux pratiques.

Il est également possible d'y effectuer un stage d'initiation à l'archéozoologie.

Le Laboratoire est sous la responsabilité de l'Institut d'archéologie (FLSH) ainsi que de l'Institut de Biologie (FS), sous la direction de M. Werner Mueller.