Diplôme d’archéologie préhistorique, assistanat et thèse de doctorat à la Faculté des Sciences de l’Université de Genève. Collaborateur scientifique au Service d’archéologie du canton de Neuchâtel. Maître-assistant en Faculté des Lettres et Sciences humaines de l’Université de Neuchâtel. Professeur ordinaire en archéologie préhistorique à l’Université de Neuchâtel (2007). Membre de la mission ethnoarchéologique en Afrique de l’Ouest (1988-1990), direction de plusieurs chantiers de fouilles à Genève, en Valais et à Neuchâtel (1990-2002) et collaborateur scientifique sur des fouilles à Chypre (2011). Directeur de la mission archéologique suisse à Kerma (Soudan) depuis 2002. Professeur invité à l’Institut d’Egyptologie de l’Université de Genève et à Paris IV-La Sorbonne. Membre du conseil de laboratoire de l’UMR 8151 du CNRS, membre du Comité de la Société internationale d’Etudes Nubiennes. Création du musée de Kerma (2008) et commissaire de l’exposition « Aux origines des pharaons noirs » au musée du Laténium (2014). Organisation de plusieurs colloques internationaux sur le Néolithique (Neuchâtel, 2005), les pointes de projectiles préhistoriques (Lisbonne, 2006), le site de La Tène (Neuchâtel, 2007), l’armement et l’image du guerrier en préhistoire (Sens, 2009), les sites littoraux du Néolithique à la protohistoire (Neuchâtel, 2010) et direction de la 13e Conférence internationale de la Société des études nubiennes (Neuchâtel, 2014).

• Direction du projet FNS « Origine et développement du royaume de Kerma par l'étude de sa principale nécropole » dans le cadre des activités de la mission archéologique suisse à Kerma.
• Direction du projet « Protection and valorization of the archaeological heritage of Kerma » soutenu par le Qatar-Sudan archaeological project.
• Projet de publication de la station littorale de Marin-Les Piécettes.

Honegger, M., Williams, M. « Human occupations and environmental changes in the Nile valley during the Holocene: The case of Kerma in Upper Nubia (northern Sudan) », Quaternary Science Review, 2015, 1-14. download

Honegger, M. Aux origines des pharaons noirs : 10’000 ans d’archéologie en Nubie. Musée du Laténium, Neuchâtel, 2014, 144 p.

Honegger, M., Mordant, C. eds. L’homme au bord de l’eau : archéologie des zones littorales du Néolithique à la Protohistoire. Acte du 135e congrès national du CTHS « Paysages » (session Pré- et Protohistoire, Neuchâtel, 6-11 avril 2010). Lausanne : CAR 132 et Paris : Documents préhistoriques 30, 2012, 391 p.

Honegger, M. Sion/Sous-le-Scex II. Habitats et nécropoles du Néolithique et de l’âge du Bronze. Lausanne, Cahiers d’archéologie romande 125, Archaeologia Vallesiana 5, 2011, 184 p.

Baray, L., Honegger, M., Diaz-Meirino, M.-H. eds. L’armement et l’image du guerrier dans les sociétés anciennes : de l’objet à la tombe (Table ronde internat. Musée de Sens, juin 2009). Dijon : Ed. universitaires, 2011, 371 p.

Honegger, M., de Montmollin, P. « Flint daggers in the late Neolithic of the northern alpine area », in: ERIKSEN (B. V.). Lithic technologies in metal using societies. Session WS11 of the 15th UISPP (Lisbon, september 2006). Hojberg : Jutland archaeological society, 2010, 129-141.

Honegger, M. « Les villages littoraux du Néolithique: égalité et autarcie ou complémentarité et mise en réseau?  », in : Della Casa, P., Trachsel, M. eds. Wetland economies and societies. Proceedings of the International Conference (Zurich, 10-13 march 2004). Zurich : Chronos (Collectio Archaeologica ; 3), 2005, 185-194.

Honegger, M. L’industrie lithique taillée du Néolithique moyen et final de Suisse. (Monographie du Centre de recherches archéologiques ; 24). Paris : Editions du CNRS, 2001, 353 p.