La crèche Vanille-Fraise est la concrétisation d'un projet soutenu par l'Université de Neuchâtel et la Confédération dans le cadre du programme fédéral "Egalité des chances". Ce programme vise à encourager les carrières académiques féminines.

Le développement du projet a été confié par le rectorat au service de l'égalité des chances de l'Université de Neuchâtel. La crèche Vanille-Fraise a été ouverte en janvier 2002. Elle est entrée dans le plan de planification cantonale en janvier 2004. Dès lors, elle bénéficie du soutien des communes du canton de Neuchâtel.

En 2006, la crèche a été rattachée au Service social, puis en 2012, au Service des ressources humaines.