L'Académie du journalisme et des médias se définit comme un institut de recherche et d'enseignement au croisement entre la recherche académique classique et la pratique journalistique au quotidien. Ainsi, les projets de recherche qu'elle mène - et les domaines de spécialisation de ses chercheuses/eurs - sont de natures très variées. La recherche menée par l'AJM est généralement pluridisciplinaire, empruntant de la sociologie, de la narrotologie, de l'économie, du management, de l'innovation, pour n'en citer que quelques approches. Elle s’appuie également sur des collaborations avec le champ professionnel et industriel, pour mener des recherches appliquées, parfois en partenariat avec des ingénieurs, notamment dans le cadre de l’Initiative for Media Innovation. 

Travaillant aussi bien sur des thématiques proprement suisses qu'internationales, l'AJM s'associe à des projets collaboratifs via divers partenariats, ponctuels ou de longue durée. En particulier, l'AJM est partenaire fondateur de l'Alliance de Recherche sur les Pratiques et la Pédagogie du Journalisme (ARPPEJ), aux côtés du CREM - Formations en journalisme de l'Université de Lorraine et de l'EjL - ORM de l'Université Catholique de Louvain. Les projets de recherche actuels et passés menés à l’AJM sont listés ci-dessous. L’ensemble des recherches est par ailleurs mentionnées sur le portail recherches et publication, sous le nom de leur responsable